NVIDIA與華大基因合作 完整測定人類基因

Parabricks利用NVIDIA的CUDA-X平台,加上cuDNN及TensorRT 推論軟件,可在 NVIDIA T4以至DGX建立的超算系統,甚至雲端上執行。

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NVIDIA的CUDA一向用於AI模型訓練和推理加速,CUDA也加入了其他數學應用,利用平行運算加快特定項目。CUDA平台 加入了基因組處理應用項目。獲得在基因組學領域內華大基因(BGI)的支持,有望加快基因組的測序。

華大基因的生命科學超級電腦DNBSEQ-T7,吞吐量每天達60個基因組,以華大基因的全基因組測序(WGS:Whole Genome Sequencing)技術,2025年前全球的基因組數據達20 ExaBytes的驚人數量。基因分析使用的運算力也非常驚人。

華大基因使用了美國密西根州安娜堡初創 Parabricks的 NVIDIA V100 GPU 和軟件,打造迄今為止處理能力最佳的基因組測序儀,Parabricks利用了NVIDIA打造的超算,分析人類基因組^23 對染色體的 30 億個核苷酸排列順序,從以往需要超過數天,縮短至不足一小時。

Parabricks有望降低依據基因組學資料為個人量身訂做的開發藥物成本,去年NVIDIA收購了Parabricks,並整合了Parabricks在CUDA平台。

全基因組測序可分析整個基因序列,檢測從遺傳性疾病引起DNA突變,突變導致癌症擴散,追蹤基因突變引發的疾病。

自從 2003 年,人類測定出首個基因組的序列後,基因組測序成本逐步下降,造成基因組資料數量激增,基因序列資料總量,每七個月就成長一倍。

NVIDIA行政總裁黃仁勳說:「完整測定出整個人類基因組的序列,需要極為強大的運算能力。」黃仁勳也宣布與華大基因合作,完整測定出人類基因組的序列資料,開發個人化藥物。

「人類花了十五年才首次測定出人類基因組序列,現在每天可測定出十六個完整的基因組序列。」黃仁勳說。

黃仁勳還宣佈推出 NVIDIA Parabricks 基因組分析工具及在 NGC 雲端服務(NVIDIA GPU CLOUD)上推出這款工具。NVIDIA 透過 NGC 集中提供經 GPU 優化、用於深度學習、機器學習、高效能運算的軟件。

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